Cell Tracker CM-DiI是DiI的衍生物，在水中的溶解性比DiI好。它可以自由穿过细胞膜进入细胞，转化为细胞膜不可渗透的反应产物。Cell Tracker CM-DiI染料通过几代培养保留在活细胞中。Cell Tracker CM-DiI染料至少能稳定发出72 h的荧光，具有理想的跟踪性能，且拥有性质稳定，工作浓度无毒性，良好的细胞保留性等优点，在生理pH条件下可具有明亮的荧光。此外，Cell Tracker CM-DiI 染料的激发和发射光谱与GFP（绿色荧光蛋白）光谱充分分离，可以多种颜色复用。
Cell Tracker CM-DiI包含一个温和的巯基反应氯甲基取代基，该取代基通过与含巯基的肽和蛋白质共价结合，从而可以与含醛基的固定剂交联，固定后染色信号不会丢失。相比于DiI等非共价结合的染料，更适合于固定细胞的染色。
使用方法（仅供参考）
1. 染色液制备
（1） 配置 DMSO储存液。（未使用的储存液分装储存在-20℃，避免反复冻融。）
（2）工作液制备：用合适的缓冲液（如：无血清培养基，HBSS 或 PBS）稀释储存液，配制浓度为 1~5 μM 的工作液。
2. 细胞染色
将细胞用工作液在 37℃下孵育 60 min，标记完成后，用 PBS 清洗细胞，并在新鲜培养基中重悬。
对于贴壁细胞，贴壁培养时进行标记比消化成悬液后标记，细胞生存力更高。
以下为可选步骤（仅供参考）：
Cell Tracker CM-DiI 染色兼容后续的固定和透化。
（1）固定。用 3.7%多聚甲醛（溶于 PBS），室温固定 10 min。室温条件 PBS 清洗 2 次，每次 5 min。
（2）透化。用丙酮在-20℃下透化 10 min。室温条件 PBS 清洗 2 次，每次 5 min。
