当RNA表达与WB（Western Blot）蛋白表达不一致时，可能由多种因素导致。以下是一些建议的解决步骤和考虑因素：
一、确认实验准确性和重复性
检查实验操作：
确保RNA抽提和WB实验的所有步骤都严格按照标准流程进行，避免操作误差。
验证实验试剂的质量和有效期，确保实验条件的一致性。
重复实验：
在不同时间点、使用不同的样本或批次进行重复实验，以确认结果的可靠性。
二、分析RNA和蛋白表达层面的原因
1. RNA层面
RNA纯度：确保抽提的RNA纯度高，无降解或污染。
内参基因：检查内参基因的CT值是否准确，推荐使用如GAPDH等稳定性好的内参基因，并确保其CT值在可靠范围内（如10-15之间）。
RNA稳定性：考虑RNA在提取、保存和逆转录过程中的稳定性，以及是否存在RNA降解的情况。
2. 蛋白层面
翻译效率：mRNA的翻译效率可能受到多种因素的影响，如mRNA的结构（如5'帽子结构、多聚腺苷酸尾部长度）、核糖体结合位点的序列等。
翻译后修饰：蛋白质的稳定性受多种翻译后修饰的影响，如糖基化、磷酸化等，这些修饰可能影响蛋白质的稳定性和检测结果。
蛋白质降解：蛋白质的合成和降解是一个动态平衡过程。如果蛋白质降解速率增加或合成速率降低，即使mRNA水平较高，蛋白质水平也可能较低。
蛋白形成复合物：某些蛋白质可能形成二聚体或多聚体等复合物，导致WB检测时信号减弱或无法检测到。
三、考虑其他可能因素
基因表达的时空特异性：基因表达具有时空特异性，即在不同细胞类型、组织和发育阶段，同一基因的表达水平可能不同。
实验技术差异：qRT-PCR和Western blot是两种不同的实验技术，它们对样品的处理、检测灵敏度和特异性都有所不同，这可能导致检测结果的差异。
四、解决方案
深入分析：
通过查阅相关文献和资料，了解该基因在特定条件下的表达模式和调控机制。
分析实验数据，寻找可能的异常点或趋势。
优化实验条件：
尝试优化RNA提取、逆转录和WB实验的条件，以提高结果的准确性和可靠性。
进一步验证：
使用其他实验方法（如免疫荧光、流式细胞术等）进行验证，以确认RNA和蛋白表达的不一致性是否确实存在。
咨询专家：
如果问题复杂或难以解决，可以咨询相关领域的专家或学者，以获取更专业的建议和帮助。
综上所述，当RNA表达与WB蛋白表达不一致时，需要从多个方面进行综合分析和考虑，以找出问题的根源并采取相应的解决方案。
