众所周知，流式细胞仪本身不能将细胞碎片自动过滤而只分析细胞,细胞碎片的产生会影响数据的质量和分析的准确性。
列如，细胞碎片的存在可能会导致流式细胞仪的前向散射光（FSC）和侧向散射光（SSC）参数的读数异常，这可能会干扰对细胞大小和颗粒度的准确评估。
此外，细胞碎片还可能影响细胞活性的检测，因为它们可能包含受损的细胞成分，这些成分可能会在某些检测中被误判为活细胞的信号。
为了减少细胞碎片，可以采取以下措施：
1、优化组织细胞消化过程：
使用适当的消化酶和控制消化时间，避免过度消化导致细胞破损。
例如，使用胶原酶和胰蛋白酶来分解组织和解离细胞，但要避免过度消化，以免破坏目标抗原表位或影响细胞活力。
对于贴壁牢固的细胞，如成纤维细胞，通常使用胰蛋白酶，浓度一般为0.25% - 0.5%。
而对于贴壁相对较弱的细胞，如某些上皮细胞，可能需要使用较温和的消化酶或较低浓度的胰蛋白酶，或者选择胶原酶等。
原代细胞通常比细胞系更脆弱，对消化酶的敏感性也不同。
可以选择分散酶等更加温和的消化条件，以保持原代细胞的活性和功能。
2、温和处理细胞：
在制备单细胞悬液时，应尽量减少涡旋振荡、离心速度及次数，这些操作都会影响细胞活力。
使用预冷的缓冲液和低温环境处理细胞，有助于维持细胞的完整性。
3、使用过滤和洗涤技术：
通过适当孔径的细胞过滤器过滤样本，可以去除可能导致下游分析复杂化的团块。
使用层流洗涤技术，如Curiox的专利技术，可以在温和清洗的基础上提升洗涤体积，减少细胞碎片和杂质。
4、添加抗凝剂和DNA酶：
EDTA可以减少阳离子依赖性细胞粘附，而DNA酶能降解死细胞的DNA，减少细胞粘附和团块形成。
5、使用自动化设备：
自动化的样品处理设备，如MARS系统，可以在减少人为错误的同时，提供更高的细胞回收率和更低的碎片产生率。
除了上面提及的可以在实验中通过优化细胞悬液的制备过程来减少细胞碎片的产生外，还可以使用专门的去除碎片的试剂或试剂盒、以及在流式细胞术中设置适当的阈值来排除碎片（此方法比较常用，设定阈值首先需求确定一个通道，比较常用的阈值通道是FSC，FSC主要和细胞大小有关，一般细胞碎片和小颗粒物质的体积都比较小，所以根据目标对象FSC大小来设定阈值相对理想。阈值的设定通常以百分比形式表示，例如，设定FSC阈值为5%意味着在检测到的所有对象中，每100个对象会自动排除掉FSC值最小的5个对象。这个百分比可以根据实验的具体情况进行调整，以达到最佳的排除效果。在某些流式细胞仪中，阈值也可以使用特定的荧光强度值来表示）。
