流式细胞术在高等植物研究中的应用广泛且深入，主要包括以下几个方面：
1.植物细胞核及倍性分析：
流式细胞术利用细胞核内DNA含量与倍性的关系，结合DNA含量差异，可快速、准确地完成植物染色体倍性的分析。相较于传统核型分析方法，流式细胞术无需制备分裂中期的细胞，简化了分析流程，提高了效率。
2.植物染色体分析和分选：
流式细胞术在植物染色体分析方面主要用于性染色体鉴定和染色体分选。通过检测不同性别植株的DNA含量，可在分布直方图中寻找不重叠的DNA峰，从而确定植株性别。此外，流式细胞术还可用于分选植物染色体，帮助建立基因组的物理图谱。
3.原生质体分析：
流式细胞术在原生质体分析方面应用广泛，包括分析原生质体结构、膜表面蛋白表达、原生质体内标记物的表达情况，以及细胞融合后的产物情况等。例如，通过流式细胞术可分析经特定基因转染的原生质体，研究基因表达对细胞特性的影响。
4.植物单细胞测序中的验证手段：
流式细胞术可作为植物单细胞测序中非常重要的验证手段。通过单细胞测序构建的单细胞转录组图谱，可通过流式细胞术进行验证，如通过mRNA原位杂交和荧光激活细胞分选（FACS）技术，进一步确认单细胞测序结果的准确性。
5.植物基因组大小测定：
流式细胞术是估计植物基因组大小的一种有价值工具。通过比较待测样品与已知基因组大小标准品的荧光强度，可计算样品的基因组大小。然而，由于多种因素的影响，如参考标准基因组大小的误差、实验方法的变异等，流式细胞术在测定植物基因组大小时需要仔细选择参比标准品和缓冲液，并考虑植物特异性因素。
6.逆境生物学及植物病理学研究：
流式细胞术可用于研究植物在逆境胁迫（如干旱、低温、高温、盐碱、病虫害等）下的生理响应和分子机制。通过检测细胞内的信号转导、蛋白表达等变化，可深入了解植物抗逆的分子机制。
7.植物育种研究：
流式细胞术在植物育种中具有重要应用。通过检测植物细胞的DNA含量，可快速判断染色体的数量，从而鉴定植物的倍性。此外，流式细胞术还可用于分选植物原生质体及染色体，为从分子水平上筛选特定优良基因、导入优良基因、改造物种提供可能。
