酶切条带糊掉,产生拖尾,一般情况下都会先怀疑是不是试剂盒或内切酶的问题,或者是否有DNA酶或其他杂质污染,根本不会去想LoadingBuffer和电泳缓冲液的问题。这是很多新手可能忽视掉的地方。
对于酶切糊掉,首先可能想到的是如下几种情况:
1.在酶切体系中限制性内切酶出现星号活力的可能性还是很低的,否则就没有过夜酶切这一常见的操作方法。
2.酶切切糊掉这一现象和内切酶出现星号活力产生的结果相同。
3.如果内切酶出现星号活力的时间段不在酶切环节,那么就要怀疑在电泳的环节了。要注意一点,一般情况下酶切体系中加的酶都是过量的,就是说酶切结束后,还有很多内切酶并未失活。
4.限制性内切酶附带的LoadingBuffer容易起泡,是因为含有SDS。SDS是蛋白变性剂,就是为了使内切酶变性失活的。电泳的时候,失活的内切酶当然就没有机会出现星号活力了。
5.如果恰好用了不含SDS的LoadingBuffer,为什么新配制的电泳缓冲液可以减轻内切酶出现星号活力的现象呢?很可能是因为新配的电泳缓冲液离子浓度高,直接抑制了内切酶的活性,也就是说这时候内切酶虽然没有失活,但是没有机会表现出星号活力。
6.如果刚好用了不含SDS的LoadingBuffer,再加上多次使用的电泳缓冲液,内切酶在电泳的过程就可以充分发挥它的余热了,在它不熟悉的缓冲体系中乱切一气,我们看到的结果就是拖尾、糊掉的DNA条带。
经常做酶切和跑电泳的同学们,记得电泳槽里的电泳缓冲液要定期更换;对酶切产物进行电泳时,更要注意使用含SDS的LoadingBuffer,用以灭活残留的限制性内切酶活性。